責任は上司が負うのだから部署の方針に従うべき

部署の方針に従うべきです．なぜなら利益に対する責任は、あなたではなく上司が負っているからです．組織に従属する以上は与えられた仕事の中にしか自分の決定権はありません．中には理不尽なこともあるでしょうが，その環境下で成果を出していくことでしかあなたの社内での発言権や選択肢が増えていくことはありません．
俣野成敏氏のコラムより．